Vtome.ru - электронная библиотека

Биоинформатика с Python. Книга рецептов

  • Добавил: literator
  • Дата: 28-05-2023, 03:36
  • Комментариев: 0
Биоинформатика с Python. Книга рецептовНазвание: Биоинформатика с Python. Книга рецептов. Современные библиотеки и приложения Python для решения реальных задач вычислительной биологии
Автор: Тиаго Антао
Издательство: ДМК Пресс
Год: 2023
Страниц: 345
Язык: русский
Формат: pdf
Размер: 19.9 MB

Биоинформатика — активная область исследований, в которой используется ряд простых и сложных вычислений для извлечения ценной информации из биологических данных. Из книги вы узнаете, как управлять этими задачами с помощью языка Python. Вы рассмотрите ключевые методы секвенирования нового поколения, анализа отдельных клеток, геномики, метагеномики, а также узнаете, как применяются алгоритмы машинного обучения в биоинформатике.
Книга предназначена для аналитиков в области биоинформатики, специалистов по данным, вычислительных биологов, исследователей и разработчиков Python. Для изучения материала желателен опыт работы на Python и базовые знания в области биологии.

Мы начнем с установки основного программного обеспечения, необходимого для большей части этой книги. Оно включает в себя дистрибутив Python, некоторые фундаментальные библиотеки Python и внешнее программное обеспечение для биоинформатики. Мы также рассмотрим мир за пределами Python. В биоинформатике и больших данных важную роль играет R; поэтому вы узнаете, как взаимодействовать с ним через rpy2, который представляет собой мост от Python к R. Кроме того, мы изучим преимущества, которые может дать нам фреймворк IPython (через Jupyter Lab) для эффективного взаимодействия с R. Учитывая, что управление исходным кодом с помощью Git и GitHub широко распространено, мы позаботимся о том, чтобы наш сетап хорошо работал с ними.

Одной из самых сильных сторон Python является обилие высококачественных научных библиотек и библиотек для обработки данных. В основе всех них лежит NumPy, который обеспечивает эффективную поддержку массивов и матриц. В дополнениях NumPy мы можем найти почти все научные библиотеки. Например, в нашей сфере есть Biopython. Но в нашей области можно использовать и другие общие библиотеки анализа данных. Так, Pandas является стандартом де-факто для обработки табличных данных. Совсем недавно библиотека Apache Arrow дала эффективную реализацию некоторых функций Pandas, а также совместимость языков. Наконец, Matplotlib является наиболее распространенной библиотекой для построения диаграмм в пространстве Python и подходит для научных вычислений. Хотя это общие библиотеки с широким применением, они имеют фундаментальное значение для обработки данных в биоинформатике, поэтому мы и будем их изучать.

Машинное обучение используется в самых разных отраслях науки, и вычислительная биология не является исключением. В этой области машинное обучение имеет бесчисленное множество приложений, скорее всего, самым старым и самым известным является использование анализа основных компонентов (Principal Components Analysis, PCA) для изучения структуры популяции с использованием геномики. Scikit-learn – один из фундаментальных инструментов библиотеки для машинного обучения Python, и данный рецепт является введением в эту библиотеку. PCA – это форма машинного обучения без учителя – мы не предоставляем информацию о классе образца.

Скачать Биоинформатика с Python. Книга рецептов












ОТСУТСТВУЕТ ССЫЛКА/ НЕ РАБОЧАЯ ССЫЛКА ЕСТЬ РЕШЕНИЕ, ПИШИМ СЮДА!


ПРАВООБЛАДАТЕЛЯМ


СООБЩИТЬ ОБ ОШИБКЕ ИЛИ НЕ РАБОЧЕЙ ССЫЛКЕ



Внимание
Уважаемый посетитель, Вы зашли на сайт как незарегистрированный пользователь.
Мы рекомендуем Вам зарегистрироваться либо войти на сайт под своим именем.
Информация
Посетители, находящиеся в группе Гости, не могут оставлять комментарии к данной публикации.